Czy zakład ma ponosić opłaty podwyższone - ze względu na wygaśnięcie pozwolenia?

Zakład posiadał pozwolenie na wprowadzanie gazów i pyłów do powietrza, które wygasło w czasie prowadzenia procedury dot. przedłożonego nowego wniosku o wydanie pozwolenia. Ze względu na brak jasności co do organu właściwego - organ powołał się na inne postępowanie - w którym toczy się spór kompetencyjny między starostą a marszałkiem. Sprawa za zostać rozstrzygnięta po otrzymaniu wyroku NSA w innej sprawie.

Czy zakład w tej sytuacji ma ponosić opłaty podwyższone - ze względu na wygaśnięcie pozwolenia?