Czy w przypadku odmowy zarejestrowania podwykonawcy jako podatnika VAT mechanizm odwrotnego obciążenia ma zastosowanie?

Firma jest czynnym podatnikiem VAT i generalnym wykonawcą kontraktu na roboty budowlane. Podwykonawca podczas realizacji inwestycji wystawił faktury za roboty budowlane z odwrotnym obciążeniem VAT. Podczas weryfikacji ustalono, że nie jest on czynnym podatnikiem VAT. Zapytany o zaistniałą sytuację twierdził, że jest w trakcie rejestracji. W chwili obecnej - po weryfikacji z "białą listą" okazuje się, że dostał odmowę rejestracji do VAT na podstawie art. 96 ust. 4a pkt 5 ustawy z 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2018 r. poz. 2174).

Jak rozliczyć wystawione przez podwykonawcę faktury?