Czy w przypadku dostawy budynku związanego trwale z gruntem z podstawy opodatkowania wyodrębnia się wartości gruntu?

W 2007 r. przez wspólników (osoby fizyczne) do spółki cywilnej został wniesiony aport w postaci niezabudowanej nieruchomości gruntowej. Spółka wydzierżawiła nieruchomość i wyraziła zgodę na wybudowanie budynku przez dzierżawcę. Budynek został wybudowany w 2012 r. i przyjęty do ewidencji księgowej dzierżawcy. Spółka jest podatnikiem podatku VAT i faktury za dzierżawę były opodatkowane podatkiem VAT. Obecnie spółka zamierza sprzedać dla dzierżawcy nieruchomość gruntową. Czy sprzedaż nieruchomości korzysta ze zwolnienia z podatku VAT? Czy wartość sprzedawanej nieruchomości obejmuje wartość rynkowa gruntu i budynku czy tylko gruntu? Jeżeli wartość sprzedawanej nieruchomości gruntowej obejmuje wartość rynkową gruntu i budynku, to czy dzierżawca ma prawo obciążyć wynajmującego za poniesione nakłady na budowę budynku i czy te nakłady podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT? Dzierżawca nie jest podatnikiem podatku VAT i od nakładów na inwestycje nie odliczał podatku naliczonego. Wybudowany budynek służył działalności zwolnionej z VAT.