Czy w podstawie opodatkowania należy wykazać całą uzyskaną kwotę, również w części, w jakiej płatność została dokonana w formie kompensaty?

W ramach podpisanej umowy spółka miała otrzymać pierwszą płatność zaliczkową. Kontrahent wpłacił określoną w umowie kwotę zaliczki pomniejszając jej wartość o zabezpieczenie należytego wykonania umowy. Takie prawo daje mu zapis z umowy zgodnie, z którym w ramach zabezpieczenia kontrahent zatrzymuje kwotę 5% z każdej wymagalnej płatności brutto.

Czy VAT podlega zaliczka w kwocie faktycznie otrzymanej (pomniejszonej o zatrzymane zabezpieczenie) czy w wysokości wynikającej z umowy - zatrzymana kwota zabezpieczenia zmienia charakter z zaliczki na należność z tytułu gwarancji należytego wykonania?