Czy w opisanym przypadku prezydent miasta powinien przeprowadzić postępowanie w oparciu o art. 29 ust. 3 ustawy Prawo wodne?

Do prezydenta miasta wpłynął wniosek o wszczęcie postępowania i wydanie decyzji na podstawie art. 29 ust. 3 ustawy z dnia 18 lipca 2001 r. Prawo wodne (tekst jedn.: Dz. U. z 2012 r. poz. 145) – dalej pr. wod. Właściciel gruntu X, który nie jest podłączony do kanalizacji deszczowej, wybudował na swojej działce studnie chłonne, do których odprowadza wody opadowe ze swojej działki. W trakcie opadów nadmiar wody, który nie wsiąknie w studnie, spływa po skarpie, murku oporowym, zalewając osiedlową ulicę i posesje prywatne (współwłasność Y). Organ przekazał całość akt sprawy do nadzoru budowlanego, by ten rozpatrzył sprawę zgodnie z przepisami ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. – Prawo budowlane (tekst jedn.: Dz. U. z 2010 r. Nr 243, poz. 1623, z późn. zm.) – dalej pr. bud., tj. zbadał prawidłowość dobrania odpowiednich parametrów studni, prawidłowość ich wykonania. Nadzór budowlany, mimo kilku wezwań, nie wypowiedział się do całości materiału. Wnioskodawcy po raz kolejny złożyli, do organu ten sam wniosek z żądaniem rozpatrzenia sprawy, zgodnie z art. 29 ust. 3 pr. wod. Zdaniem organu w opisanej sytuacji nie zachodzą przesłanki z art. 29 pr. wod. i powyższa sprawa powinna zostać rozpatrzona przez nadzór budowlany zgodnie z pr. bud.

Jak powinien postąpić organ w powyższej sprawie?