Czy transakcja sprzedaży nieruchomości wraz z gruntami podlega opodatkowaniu VAT?

Podatnik jako osoba fizyczna wraz z małżonką kupił w 1987 r. nieruchomość zabudowaną budynkiem biurowym. Następnie w roku 1991 oraz 1992 dokupił kolejne działki wraz z kolejnymi budynkami biurowo-socjalnymi - wszystkie trzy działki mają obecnie jedna księgę wieczystą. W księgach widnieje wspólność majątkowa małżeńska. W 1990 r. małżonkowie założyli spółkę cywilną. Budynki wpisali do środków trwałych i je amortyzowali (według stawki jak dla własnych środków trwałych). Grunty nie zostały wpisane do ewidencji, nigdy na tą okoliczność nie została sporządzona umowa. Małżonkowie jako osoby fizyczne są zwolnione z VAT. Obecnie w planie zagospodarowania przestrzennego grunty te widnieją jako tereny pod zabudowę. Małżonkowie chcą obecnie sprzedać wszystkie trzy działki wraz z położonymi na nich budynkami czynnemu podatnikowi VAT.

Czy taka transakcja będzie podlegała opodatkowaniu VAT?