Czy spółka powinna naliczyć podatek VAT od dostawy towarów z faktury, która nie jest wyszczególniona na komunikatach w miesiącu dokonania dostawy?

Spółka dokonała eksportu towarów do Zjednoczonych Emiratów Arabskich. Odprawę celną wykonała w imieniu spółki firma przewozowa za pośrednictwem, której była realizowana wysyłka. Spółka wysłała do firmy przewozowej dwie faktury dokumentujące dostawę, niestety przewoźnik dokonał odprawy towaru tylko z jednej faktury. Spółka otrzymała komunikaty IE 529 i IE 599, na której wyszczególniona jest tylko jedna faktura oraz wartość towaru z jednej faktury. Tylko waga jest prawidłowa i obejmuje całą dostawę. Czy spółka powinna naliczyć podatek VAT od dostawy towarów z faktury, która nie jest wyszczególniona na komunikatach w miesiącu dokonania dostawy? Spółka wystosowała prośbę o skorygowanie zgłoszenia celnego do przewoźnika. Czy jeśli spółka otrzyma sprostowanie zgłoszenia celnego, to czy będzie mogła skorygować ewentualnie naliczony podatek VAT w rozliczeniu za okres, w którym otrzymała sprostowanie?