Czy spółka może ująć na bieżąco korektę oraz fakturę zaliczkową w deklaracji VAT?

W maju spółka otrzymała korektę faktury zaliczkowej na dostawę materiału oraz nową fakturę na wykonanie usługi. Zaliczka nie została zwrócona, przeznaczono ją na wykonanie usługi. Spółka nie podpisała korekty i nie ujęła nowej faktury zaliczkowej w JPK VAT, ponieważ cały czas trwały rozmowy handlowe. We wrześniu firmy doszły do porozumienia. Czy spółka może ująć na bieżąco korektę oraz fakturę zaliczkową w deklaracji VAT? Czy trzymiesięczny okres liczymy od daty otrzymania faktury, czy od momentu powstania obowiązku podatkowego? Przykładowo faktura wystawiona w maju, otrzymana w czerwcu. Czy ostatecznym terminem na odliczenie podatku VAT jest sierpień?