Czy przygotowawczy charakter działania spółki może spowodować odmowę jej rejestracji?

Spółka z o.o zarejestrowana w KRS w grudniu 2016 r. Podpisała porozumienie oraz umowę najmu z os.fizyczną, właścicielem gruntu zabudowanego budynkiem gospodarczym oraz biurem. Umowa najmu dotyczy biura, które spółka zgłosiła jako swoją siedzibę. Porozumienie brzmi: os. fizyczna posiada ww. nieruchomość, na której planowana jest rozbudowa ww. budynku. Zamiarem obu stron jest przeniesienie na spółkę prawa własności części (rozbudowanej)w/w nieruchomości po jej rozbudowie. Przeniesienie to nastąpi tytułem wniesienia wkładu do spółki (aport) na pokrycie nabywanych udziałów w jej kapitale zakładowym. Os. fizyczna zobowiązuje się do prowadzenia w/w inwestycji obejmującej rozbudowę ww. budynku oraz do uzyskania pozwolenia na użytkowanie. Spółka zobowiązuje się ponieść koszty tej rozbudowy, a finansowanie będzie na podstawie faktury wystawianych na spółkę. Gdyby nie doszło do zakończenia inwestycji lub gdyby nie doszło do przeniesienia części własności na spółkę, os. fizyczna zobowiązuje się zwrócić spółce wszystkie koszty. Łączna wysokość kosztów inwestycji pomniejszy wartość aportu, tj części nieruchomości wnoszonej tytułem wkładu na pokrycie udziałów obejmowanych w kapitale zakładowym spółki. Udziałowcami w spółce jest zagraniczna osoba fizyczna oraz zagraniczna osoba prawna. Po ww. wniesieniu nieruchomości do spółki, spółka zamierza tę nieruchomość wynajmować za wynagrodzeniem. W siedzibie spółki nie przebywa zarząd spółki, nie ma zatrudnionych pracowników. Całość inwestycji prowadzona jest i nadzorowana poprzez os. fizyczną, właściciela grunt. Zarząd spółki pojawia się w Polsce raz na kilka miesięcy. Spółka złożyła zgłoszenie rejestracyjne VAT-R, ale urząd jej nie zarejestrował argumentując, że spółka nie prowadzi w Polsce żadnej działalności. Mimo to, spółka od grudnia 2016 r. składa deklaracje VAT-7, w których wykazuje VAT naliczony.

Czy ma do tego prawo?

Jeśli nie, to czy ma prawo odzyskać VAT poprzez VAT-REF?

Czy można zażądać od urzędu podania powodu odmowy rejestracji?