Czy podatnik powinien wykazywać w pliku JPK-VAT faktury wystawiane do sprzedaży udokumentowanej również paragonem?

Sieć sklepów detalicznych dokonuje sprzedaży towarów dla osobom fizycznym. Klienci płacą za część zakupów za pomocą bonów żywieniowych z różnych firm. Cała sprzedaż jest ewidencjonowana na kasach fiskalnych. Sieć sklepów raz w miesiącu musi się rozliczyć z otrzymanych bonów z firmami je wydającymi. Większość firm zostaje obciążona notami przez naszą sieć sklepów. Noty nie są już księgowane w rejestrach VAT ani nie są wykazywane w JPK, ponieważ przychody te są już ujęte na raporcie fiskalnym na podstawie bonów od klientów. Jedna z firm chce zostać obciążona fakturą VAT.

Czy nasza firma musi wykazywać taką fakturę w JPK, a tym samym w rejestrze sprzedaży VAT, jeżeli przychód z tych bonów został już zaewidencjonowany na kasie fiskalnej?