Czy podatnik może wystawiać przedsiębiorcom faktury do paragonów?

Przedsiębiorca prowadzący pozarolniczą działalność gospodarczą, opodatkowaną ryczałtem, nie jest czynnym podatnikiem VAT, posiada kasę fiskalną od kilku lat, obecnie online. Świadczy usługi remontowo-budowlane zarówno dla osób fizycznych, jak i firm. Dla firm wystawia fakturę (bez VAT, zwolniony do limitu obrotów) jednocześnie z przyzwyczajenia ewidencjonuje sprzedaż za pośrednictwem kasy. Czy przedsiębiorca jest narażony na sankcje karne? Czy powinien opodatkować sprzedaż dwukrotnie - z wystawionych faktur oraz raportu fiskalnego? Jak liczyć limit zwolnienia do VAT?