Czy organy podatkowe mogą kwestionować zaliczenie do kosztów wydatków z faktury wystawionej przez podmiot nieuprawniony?

Prowadzę firmę transportową na księdze przychodów i rozchodów, jestem płatnikiem podatku VAT. W październiku tego roku otrzymałem decyzję z urzędu skarbowego, w której zakwestionowano mi odliczenie podatku naliczonego VAT z faktury wystawionej przez podatnika, który zarejestrował się w zakresie podatku VAT dopiero po roku czasu od momentu wystawienia ww. faktury. Ponadto, urząd skarbowy twierdzi, że w wyniku kontroli podatkowej przeprowadzonej u wystawcy faktury, faktura ta wystawiona została celem udokumentowania transakcji, która w rzeczywistości nie miała miejsca - ponieważ sprzedający nie dokonywał zakupów towarów, a jego działalność polegała na wystawianiu fikcyjnych faktur VAT. Towar faktycznie zakupiłem nie mając pojęcia, że mój dostawca nie jest podatnikiem VAT zarejestrowanym i że handluje towarem, na który nie ma dokumentów zakupu. Sprawa dotyczy zakupu paliwa.

Czy urząd skarbowy ma prawo zakwestionować mi również możliwość zaliczenia wydatku popartego taką fakturą do kosztów uzyskania przychodów?