Czy organ podatkowy może odmówić przyjęcia korekty deklaracji VAT złożonej tuż przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego?

U podatnika przeprowadzono kontrolę podatkową stwierdzając nieprawidłowości w rozliczeniach VAT za kilka miesięcy. Podatnik w terminie złożył zastrzeżenia kwestionując jej ustalenia. Po zastanowieniu, nie chcąc jednak wchodzić w spór z organami podatnik złożył korekty deklaracji VAT zgodne z ustaleniami kontroli, równocześnie płacąc zaległości podatkowe. Po kilku miesiącach doszedł jednak do wniosku, że postąpił niewłaściwie, dlatego pod koniec roku, w grudniu złożył ponowne korekty deklaracji VAT, tym razem zbieżne z pierwotnymi deklaracjami, zakwestionowanymi przez kontrolę. Organ podatkowy, już w nowym roku podatkowym zawiadomił podatnika, że nie przyjmuje korekt.

Czy w związku z tym, że 31 grudnia upłynął termin przedawnienia zobowiązania podatkowego za korygowane (kontrolowane okresy) twierdzenie organu nie ma znaczenia i podatnik może domagać się zwrotu nienależnie zapłaconego podatku?

Przed upływem terminu przedawnienia nie miały miejsce czynności przerywające, czy zawieszające bieg terminu przedawnienia.