Czy organ może wydać decyzję zmieniającą zezwolenie w zakresie miejsca wykonania i gatunku nasadzeń zastępczych?

Wnioskodawca złożył wniosek o zmianę decyzji zezwalającej na usunięcie drzew w zakresie miejsca wykonania i gatunku nasadzeń zastępczych. Termin wykonania nasadzeń kończył się z dniem 30 września. Ww. wniosek wpłynął do organu na 3 dni (w piątek) przed końcem wyznaczonego przez organ terminu (poniedziałek) wykonania nasadzeń zastępczych. W dacie wpływu wniosku zezwolenie jeszcze było ważne, natomiast ewentualna decyzja zmieniająca je zostałaby wydana po terminie jego ważności. Organ nie miał możliwości przeprowadzenia postępowania administracyjnego w dacie obowiązywania zezwolenia. Z dniem 1 października zezwolenie wygasło. W zezwoleniu naliczona została opłata za usunięcie drzew z odroczeniem na 3 lata w zamian za wykonanie wspomnianych nasadzeń, których wnioskodawca nie wykonał, drzewa natomiast usunął.

Czy organ może w tej sytuacji wydać decyzję zmieniającą zezwolenie?

Jak powinien postąpić organ?