Czy nieprawidłowe zrealizowanie zapisu umownego dotyczącego zasad wypłaty wynagrodzenia częściowego stanowi naruszenie PZP?

Realizujemy zadanie dofinansowane w ramach Rządowego Funduszu Rozwoju Dróg pn. "Poprawa bezpieczeństwa ruchu na przejściach dla pieszych". Przedmiotem umowy jest przebudowa drogi powiatowej w celu poprawy bezpieczeństwa ruchu drogowego na przejściu dla pieszych, zadanie realizowane jest w formule "zaprojektuj i wybuduj". W umowie między zamawiającym a wykonawcą robót budowlanych, zawarta na okres 12 m-cy, mamy m.in taki zapis dotyczący fakturowania częściowego: suma wartości wszystkich faktur częściowych nie może przekroczyć 80% łącznego wynagrodzenia brutto wykonawcy, określonego w umowie w następujący sposób: Strony ustalają wynagrodzenie ryczałtowe za wykonanie przedmiotu umowy na kwotę brutto 300.000,00 zł, z tego wynagrodzenie za: 1) etap projektowania, w tym opracowanie dokumentacji projektowej oraz sprawowanie nadzoru autorskiego, w kwocie brutto 150.000 zł, 2) etap realizacji, w tym wykonanie robót budowlanych zgodnie z dokumentacją projektową i wdrożenie Projektu stałej organizacji ruchu, w kwocie brutto 150.000 zł, zgodnie z ofertą wykonawcy i Tabelą elementów rozliczeniowych zawartą w ofercie. Po zakończeniu zadania w trakcie weryfikacji dokumentów przez urząd wojewódzki okazało się, że suma faktur częściowych nieznacznie przekroczyła 80% łącznego wynagrodzenia brutto. W ramach wyjaśnienia napisaliśmy, że zadanie realizowane było w systemie zaprojektuj i wybuduj i zamawiający omyłkowo podczas weryfikacji faktury uwzględnił tylko wartość robót budowlanych, a nie całości zadania. Wartość zafakturowanych robót stanowiła 71% całości robót budowlanych.

Czy taka omyłka stanowi naruszenie p.z.p. i jak ewentualnie zamawiający może się bronić?