Czy należy złożyć wniosek o zaliczenie nadpłaty podatku VAT na poczet zaległości, która powstanie w związku z korektami deklaracji za styczeń i październik w sytuacji opisanej w pytaniu?

TSUE w wyroku C–895/19 uznał za niezgodne z art. 167 i 178 Dyrektywy 112/2006, przepisy polskiej ustawy o VAT, zakazujące neutralnego rozliczenia wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Z uwagi na fakt, iż organy na podstawie niezgodnych z Dyrektywą przepisów ustawy o VAT wymagały rozbicia podatku należnego i naliczonego, u podatnika w styczniu 2019 r. powstała zaległość podatkowa w kwocie podatku należnego wynikającego z braku możliwości neutralnego rozliczenia VAT z tytułu WNT. Jednocześnie podatnik na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej zobowiązany był do zapłaty odsetek od tej zaległości. Podatek naliczony z tytułu tego WNT został rozliczony w październiku 2019 r. W związku z ww. wyrokiem TSUE u podatnika powstała nadpłata. W związku z tym proszę o odpowiedź na pytanie czy nadpłatą w tej sytuacji będzie cała kwota podatku należnego, czy tylko kwota nienależnie pobranych odsetek przez organ podatkowy i czy w takim razie oprocentowanie, o którym mowa w art. 78 Ordynacji podatkowej, będzie przysługiwał od: - tylko kwoty nienależnie pobranych przez organ podatkowy odsetek - tylko kwoty podatku należnego VAT od tej transakcji - od obu ww. kwot tj. zarówno podatku jak i odsetek. W mojej opinii nadpłatą będzie zarówna kwota podatku należnego VAT jak i kwota odsetek, dlatego oprocentowanie powinno być obliczone od obu tych wartości. W tym miejscu należy zauważyć, że organ podatkowy uznał całą kwotę jako zaległość i od całej kwoty podatku należało zapłacić odsetki, w tym sensie analogicznie cała ta kwota powinna stanowić oprocentowaną nadpłatę.

Czy w takiej sytuacji we wniosku o zwrot nadpłaty lub w oddzielnym wniosku należałoby zawnioskować o zaliczenie tej nadpłaty na poczet zaległości, która powstanie w związku z korektami deklaracji za styczeń i październik, czy urząd jeżeli to będzie jedyna zaległość, sam z urzędu powinien zaliczyć tą nadpłatę, na poczet zaległości, która powstanie w październiku?