Czy należy naliczać koszty uzyskania przychodów i ulgę w przypadku dwóch umów o pracę między tymi samymi stronami?

Samorządowy zakład budżetowy zatrudnia dwóch pracowników: instruktora reintegracji zawodowej (czas określony) i kierownika produkcji (czas nieokreślony) na pełny etat. W ramach projektu unijnego pracodawca w okresie od 1.09.2018 do 30.11.2018 delegował ww pracowników w wymiarze 1/3 etatu do prac projektowych przyznając im stosowne wynagrodzenie zasadnicze i odpowiedni, dla każdego z pracowników dodatek stażowy. Wynagrodzenie zasadnicze i dodatek stażowy z podstawowego stosunku pracy (pełnego etatu) nie ulega zmniejszeniu pozostaje tak jak jest na umowie o pracę. Wynagrodzenie za czas oddelegowania musi być uwzględniony na osobnej liście płac w celach rozliczeniowych w ramach projektu.

Czy ww pracownikom w ramach wynagrodzenia za prace związanej z projektem należy stosować kwotę wolną i KUP? Czy tylko KUP? Czy ww. pracownicy muszą wypełniać jeszcze raz stosowne oświadczenia PIT-2 i KUP?

Proszę o wskazanie prawidłowego postępowania zgodnie z obowiązującymi przepisami.