Czy nadpłata podatku za lata 2006-2008 powinna być zwrócona podatnikowi, czy ze względu na upływ czasu przedawniła się?

Podatnik złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty za lata 2006-2008 w roku 2011 wraz z korektami deklaracji, pisemnym uzasadnieniem i dokumentami mogącymi mieć wpływ na rozstrzygnięcie sprawy. Ponieważ należało wyjaśnić wątpliwości w przedmiotowej sprawie - organ podatkowy wszczął z urzędu postępowanie w zakresie ustalenia wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości za lata 2006-2008. W trakcie prowadzonego postępowania były wydawane decyzje, które były uchylane przez kolegium i przekazywane do ponownego rozpatrzenia. Ostatecznie postępowanie zostało zakończone decyzją w 2016 r., w której została określona częściowa nadpłata za te lata.

Czy w tej sytuacji, czyli w przypadku określenia wysokości zobowiązania podatkowego w kwocie niższej niż kwota wynikająca z deklaracji podstawowych złożonej w stosownym czasie - przedmiotowa nadpłata powinna być zwrócona podatnikowi czy ze względu na upływ czasu przedawniła się?