Czy można zmniejszyć wartość sprzedaży o wartość paragonu wystawionego dla udokumentowania usługi, która wcześniej została potwierdzona fakturą?

Podatnik jest czynnym podatnikiem, prowadzi działalność w zakresie montażu i konserwacji klimatyzacji i urządzeń wentylacyjnych. Dokonuje sprzedaży na rzecz osób fizycznych i podmiotów prowadzących działalność gospodarczą. Klient "z góry" określa czy transakcja będzie dokonana na rzecz osoby fizycznej, czy podmiotu gospodarczego (paragon/faktura). Dla podmiotu gospodarczego za wykonaną usługę wystawiona zostaje faktura. W późniejszym terminie do wystawionej wcześniej faktury przez pomyłkę zostaje nabity paragon z kasy fiskalnej.

Czy podatnik powinien opodatkować taką transakcję podwójnie VAT, czy może to potraktować jako pomyłkę i anulować paragon z kasy?