Czy można wystawić fakturę za usługi budowlane po 2 latach od ich wykonania?

Firma budowlana wykonała całą usługę budowlaną dla inwestora i wystawiła fakturę w całości za wykonaną usługę. Jednak inwestor dopiero po dwóch latach zapłaci kwotę 2,5% faktury jako gwarancję za wykonaną usługę. Inwestor domaga się wystawienia faktury na 2,5% (obecnie kwota powinna być niższa). Jak rozliczyć kwotę zatrzymanej kaucji gwarancyjnej?