Czy można w trakcie roku zmienić wysokość zobowiązania z tytułu podatku dochodowego?

W wyniku przeprowadzonych czynności sprawdzających zmniejszeniu uległo zobowiązanie z tytułu zaliczki na podatek dochodowy PIT-5 za pierwszy kwartał 2019 roku. Zaliczka w pierwotnej wysokości została uregulowana zwrotem podatku VAT. Po przeprowadzeniu czynności skorygowano deklarację VAT w wyniku czego zmianie - zmniejszeniu - uległa kwota zwrotu i przeksięgowania na poczet podatek PIT-5 (wstępnie przeksięgowano 3 tys na podatek PIT-5 po korekcie przeksięgowano 2 tys na podatek PIT-5). Urząd Skarbowy stoi na stanowisku, że nie można w trakcie roku zmieniać wysokości zobowiązania z tytułu podatku dochodowego.

Czy stanowisko Urzędu jest prawidłowe?