Czy można skrócić okres wypowiedzenia?

Pracownik dostarczył pracodawcy pismo o zamiarze rozwiązania umowy o pracę z zastosowaniem 1-miesięcznego okresu wypowiedzenia, który upłynie 31.05.2018 r. W trakcie okresu wypowiedzenia pracownik uzyska staż pracy uprawniający go do 3-miesięcznego okresu wypowiedzenia. Naszym zdaniem powinien zostać zastosowany dłuższy, czyli 3.miesieczny okres wypowiedzenia z czym nie zgadza się pracownik. W umowie o pracę zapisy wskazujące okresy wypowiedzenia są zgodne z zapisami kodeksu pracy.

Czy możemy przychylić się do pisma pracownika i przyjąć, że okres wypowiedzenia upłynie w terminie przez niego wskazanym? Jeżeli nie, to co w takiej sytuacji powinniśmy zrobić?