Czy można dokonywać płatności za fakturę z częściowym pominięciem mechanizmu podzielonej płatności?

Jesteśmy firmą produkcyjną, która dla prowadzenia działalności gospodarczej wykorzystuje samochody osobowe własne i używane na podstawie umów leasingowych. Dla utrzymania prawidłowego stanu technicznego samochodów wykonywane są przeglądy i naprawy obejmujące zakup części zamiennych do samochodu oraz usługę. Samochody te wykorzystywane są w naszej firmie dla celów podatku VAT w sposób mieszany, tzn. odliczamy z faktur zakupu tylko 50% podatku VAT. Sprzedaż części i akcesoriów do pojazdów samochodowych wykazana jest w załączniku nr 15 do zmiany przepisów VAT, dla których płatność od 1 listopada tego roku będzie realizowana obowiązkowym split payment. Importujemy przelewy bankowe z naszego systemu finansowego do systemu bankowego. Przy odliczeniu 50% podatku VAT system finansowy "nie widzi" całego podatku VAT - 100% wykazanego na fakturze.

Czy w tej sytuacji możemy dokonywać płatności za całą fakturę w systemie split payment, ale podatek VAT tylko w 50% (czy będziemy narażeni na sankcje), czy musimy płacić 100% podatek VAT wykazany na fakturze?

Wartość zakupów brutto niekiedy nie przekracza 15.000,00 zł, ale zdarzają się przypadki gdzie zakup dotyczy części przekraczających wartość 15.000,00 zł.