Czy możliwe jest zaliczenie nadpłaty zaliczki w VAT na podatek na poczet zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym?

Jesteśmy firmą świadczącą usługi gastronomiczne. W czerwcu dokonaliśmy zakupu surowców, ale nie otrzymaliśmy faktury VAT. Zapomnieliśmy o zaksięgowaniu tego zakupu. Fakturę otrzymaliśmy w miesiącu wrześniu, ale musieliśmy zaksięgować tę dostawę do miesiąca czerwca, sporządzając korektę. Napisaliśmy o korekcie zapisów w PKPIR do urzędu skarbowego oraz o nadpłaconym podatku dochodowym. Sporządziliśmy też wniosek o stwierdzenie nadpłaty w związku z zapłatą zawyżonej zaliczki na podatek dochodowy za czerwiec 2015 r. Pismo nasze nie zostało przyjęte w urzędzie skarbowym. Powiedziano nam jedynie, że w przypadku błędnego wyliczenia należnej zaliczki i dokonania zawyżonej wpłaty podatnik sam potrąca sobie zaistniałą nadpłatę z kolejnej wpłaty bez informowania o tym urzędu.

Czy pogląd pracownika urzędu jest słuszny i czy ma to umocowanie w przepisach?