Czy możliwa jest modyfikacja zgłoszenia w ostatnim dniu terminu do wniesienia sprzeciwu?

Inwestor dokonał zgłoszenia budowy wolno stojącego parterowego budynku gospodarczego o powierzchni zabudowy do 35 m² (art. 29 ust. 1 pkt 14 lit. a ustawy z 7.07.1994 r. Prawo budowlane – dalej pr. bud.). Organ dokonał weryfikacji i uznał zgłoszenie za kompletne i zgodne w ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego. Organ nie zdecydował się na załatwienie sprawy zaświadczeniem z art. 30 ust. 5aa pr. bud. o braku podstaw do wniesienia sprzeciwu przed upływem terminu 21 dni. Ostatniego 21-ego dnia na kancelarię podawczą inwestor sam z siebie złożył uzupełnienie tego zgłoszenia w zakresie dachu projektowanego budynku wraz z jego szkicami. Z tych szkiców wynika, że po zmianie tego zgłoszenia kąt dachu jest niezgodny z ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego.

Jak organ powinien postąpić z takim zgłoszeniem, skoro się przyjęło (nie wniesiono sprzeciwu ani nie nałożono postanowieniem obowiązku usunięcia nieprawidłowości, gdyż fizycznie to uzupełnienie na wydział trafiło 22 dnia, z datą wpływu w ostatnim 21-szym dniu) i po tym uzupełnieniu inwestora,,w ostatniej chwili" jest niezgodne z przepisami prawa?