Czy korygować fakturę zaliczkową, jeśli zawiera ona pewne nieprawidłowości, ale brak jest podstaw do korekty deklaracji?

Spółka w grudniu 2015 r. wystawiła fakturę zaliczkową na wartość brutto 1100 zł. Odprowadziła wynikający z tej faktury VAT należny. W tym samym miesiącu firma wystawiła fakturę rozliczeniową za zakupiony towar, wskazując wcześniej wspomnianą fakturą zaliczkową do rozliczenia. Całość transakcji zamknęła się w jednym miesiącu. W październiku 2016 r. względem spółki rozpoczęto kontrolę podatkową wskazując zakres kontroli- poprawność rozliczenia VAT za grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. W protokole wskazano, iż księgi są rzetelne. W tej chwili za wskazany grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. podjęto czynności sprawdzające w firmach będących dla spółki dostawcami. Po konsultacji z jedną z firm okazało się, że faktura zaliczkowa nie była poparta przelewem. Kontrahent przed przedstawieniem dokumentów do kontroli krzyżowej skorygował deklarację jako, że nie miał podstawy do odliczenia VAT.

Czy spółka podejmując decyzję o niekorygowaniu dokumentów naraża się na ryzyko związane z nierzetelnością dokumentów (wykroczenie skarbowe) oraz ryzyko wszczęcia postępowania podatkowego?

Czy w związku z tym, że nie doszło do uszczuplenia w zakresie rozliczeń z budżetem, spółka powinna przeprowadzić korekty?