Czy jeśli przedawni się samo zobowiązanie podatkowe, to złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty przed upływem terminu przedawnienia nie prowadzi do utraty prawa do stwierdzenia nadpłaty?

Podatnik w dniu 30 grudnia 2013 r. złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty w VAT za okres od stycznia do grudnia 2009 r. wraz ze stosownymi korektami VAT-7. Korekty spowodowane były wyłącznie ze zwiększeniem kwot podatku naliczonego do odliczenia. We wszystkich korektach wykazano kwotę do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni. Naczelnik US zakwestionował poprawność korekt deklaracji i w styczniu 2014 r. wszczął postępowanie w VAT za przedmiotowe okresy rozliczeniowe i wydał postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT zadeklarowanego w korektach deklaracji do czasu zakończenia postępowania podatkowego. W trakcie postępowania podatkowego organ wydawał postanowienia wyznaczające nowy termin załatwienia sprawy ze względu na jej złożoność. W dniu 16 grudnia 2014 r. Naczelnik US po prawie roku prowadzonego postępowania wydał decyzje za poszczególne okresy, w których określił wysokość zobowiązania podatkowego w identycznej kwocie jak w pierwotnych deklaracjach VAT-7 (stwierdził, że podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia kwot z faktur dokumentujących nabycia towarów i usług jako nie związanych z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi przez podatnika) oraz wydał decyzje odmawiające stwierdzenia nadpłaty za poszczególne miesiące. Od tych decyzji podatnik odwołał się do Dyrektora IS. W dniu 5 czerwca 2015 r. Dyrektor IS wydał decyzję uchylającą decyzje Naczelnika US określające zobowiązanie podatkowe i ze względu na przedawnienie umorzył postępowanie jako bezprzedmiotowe informując, że postępowanie ws. stwierdzenia nadpłaty będzie nadal prowadzone (brak przedawnienia).

Czy Dyrektor IS prawidłowo postąpił wydając decyzję o umorzeniu postępowania podatkowego wskutek przedawnienia zobowiązania podatkowego nie badając zasadności zwrotu bezpośredniego VAT?

Czy w związku z uchyleniem decyzji Naczelnika US w obrocie prawnym są korekty deklaracji VAT-7, w których został zadeklarowany zwrot podatku na rachunek bankowy?