Czy firma transportowa może refakturować koszty napraw samochodów na klienta?

Firma świadczy usługi transportowe (czynny podatnik VAT). 100 samochodów z dostępnej floty świadczy usługi dla jednego klienta. Stała cena usługi za 1 km została wyliczona w następujący sposób: suma wszystkich kosztów wygenerowanych przez 100 samochody plus marża. Z uwagi na to, że występują pewne koszty, które ciężko oszacować, nie został one uwzględnione w stawce za 1 km - są to koszty naprawy samochodów. W umowie jest zapis, iż spółka będzie obciążać klienta dodatkowymi opłatami nieuwzględnionymi w stawce za 1 km. Czy firma ma prawo wystawić refakturę za naprawę samochodów z uwagi na fakt, iż koszty naprawy nie były wkalkulowane do stawki za 1 km?