Czy fakturę za modernizację lokalu należy zaliczyć w koszty?

Podatnik wynajmuje lokal usługowy dla firmy handlowej. We wrześniu 2016 r. właściciel lokalu zmodernizował schody wejściowe w tym lokalu za kwotę netto 13.000 zł. Podatnik zwiększył wartość środka trwałego i zaczął amortyzować nakłady. W grudniu 2016 r. okazało się, że najemca wg umowy najmu winien zwrócić nakłady na te schody. Wystawiono więc fakturę obciążającą najemcę i wystornowano nakłady ze środków trwałych oraz wpisano fakturę w koszty uzyskania przychodów. W styczniu 2017 r. najemca zakwestionował ów wydatek i nie przyjął faktury za modernizację schodów.

Jak powinie zachować się właściciel? Czy powinien wystawić fakturę korygującą i w styczniu powinien zwiększyć wartość środka trwałego i rozpocząć amortyzację?