Czy faktura za opłatę 3% od wartości dostaw pomiędzy podmiotem powiązanym ze spółką a niepowiązanym, wystawiona przez spółkę na rzecz podmiotu powiązanego, powinna zawierać stawkę VAT?

Polski podmiot X Sp. z o.o. posiada powiązany podmiot Y na Ukrainie. Podmiot X wystawia fakturę na podmiot Y z tytułu 3% opłaty liczonej od dostaw bezpośrednich do podmiotu Y od podmiotu niepowiązanego Z za dany okres. Opłata jest efektem negocjacji podmiotu X z Z, w wyniku których podmiot Y nabywa towary od podmiotu Z w dobrych cenach. Czy faktura za opłatę (3% od wartości dostaw pomiędzy podmiotem Z a Y) wystawiona przez X na Y powinna zawierać stawkę VAT, jaką? Jaki moment podatkowy?