Czy faktura powinna zostać rozliczona w ramach WNT?

Spółka otrzymała fakturę zaliczkową od zagranicznego kontrahenta z tytułu zakupu narzędzia (środek trwały). Na fakturze znajdują się dwie pozycje - jedna za narzędzie, druga za pracę techników na tym narzędziu. Spółka nie wykazała całej wartości faktury zaliczkowej do VAT - traktując ją jako WNT. Po jakimś czasie do spółki wpłynęła faktura końcowa rozliczająca zaliczkę. Cała faktura została wykazana w dacie wystawienia do VAT jako WNT. Czy stanowisko spółki jest poprawne? Czy może jednak praca techników powinna zostać wykazana osobno jako import usług częściowo w dacie zapłaty oraz następnie reszta kwoty za usługę w dacie zapłaty faktury końcowej?