Czy do kwoty limitu uprawniającego do zwolnienia z VAT, podatnik powinien wliczać również kwoty uzyskane z tytułu świadczonych usług medycznych?

Jesteśmy fundacją świadczącą usługi medyczne (zwolnione z VAT). Dodatkowo prowadzimy odpłatne szkolenia (kursy) dla lekarzy. Usługi te począwszy zostały opodatkowane podatkiem VAT.

Czy do kwoty limitu uprawniającego do zwolnienia z VAT wlicza się tylko kwoty wystawionych rachunków sprzedażowych dotyczących usług, które będą objęte VAT-em po przekroczeniu limitu, czy również do tej sumy trzeba doliczyć kwoty wpłaconych zaliczek dotyczących tych usług, nawet jeśli na te zaliczki nie zostały wystawione rachunki sprzedażowe (nie jesteśmy jeszcze podatnikiem VAT, w związku z tym nie wystawiamy rachunków/faktur zaliczkowych)?