Czy brak wpisania oddziału spółki do KRS przesądza o konieczności zapłaty podatku od środków transportowych do gminy, w której znajduje się siedziba spółki?

Spółka jawna z siedzibą w Warszawie otworzyła nowy oddział w województwie dolnośląskim. Została podjęta uchwała wspólników w tej sprawie w dniu 31.12.2017 roku. Środki transportu zostały formalnie przeniesione do nowego oddziału. Począwszy od 01.01.2018 Spółka składa deklarację i płaci podatek od środków transportu wg siedziby oddziału. Urząd w Warszawie upomina się o zapłatę tego samego podatku w Warszawie, kwestionując zmianę właściwości organu podatkowego, ponieważ w KRS nie został wprowadzony zapis o utworzeniu nowego oddziału. Spółka składała wniosek o dokonanie wpisu do KRS, ale wniosek został odrzucony z powodu braków formalnych. Póki co w KRS nie jest wprowadzony taki zapis.

Czy brak wpisu do KRS jest argumentem skutecznym stawianym przez Urząd m.st. Warszawy? Jeżeli tak, jaki przepis stanowi, że jest to warunek konieczny, żeby zmienić organ podatkowy w zakresie podatku od środków transportu?