Czy bez zgody pracownika można odliczyć wynagrodzenie wypłacone w okresie innym niż poprzedni okres płatności?

Pracownik przebywał w szpitalu przez trzy miesiące. Absencję tę pracownik udokumentował dopiero po prawie trzymiesięcznym pobycie w szpitalu. Wcześniej od połowy stycznia do 2 kwietnia 2015 r. szpital nie wystawił zwolnienia lekarskiego. Wypłacono więc trzy wynagrodzenia 100%. Następnie pracownik przedłożył zaświadczenie lekarskie, iż przebywał w szpitalu przez ostatnie trzy miesiące (wcześniej jedynie powiadomił telefonicznie).

Czy można dokonać odliczenia za okres 3 miesięcy wstecz bez zgody pracownika czy też tylko za ostatni miesiąc nadpłaconego wynagrodzenia - skoro zakład pracy otrzymał dokument dopiero w kwietniu 2015 r.?