Co zrobić w przypadku, w którym doszło do „podmienienia faktury” zamiast wystawienia faktury korygującej?

Spółka z o.o. (sprzedawca) wystawiła fakturę sprzedaży nr 1/1/2019 na kwotę X, którą przekazała do swojej księgowości, faktura została zaksięgowana, wysłane zostały pliki JPK. Odbiorca faktury po jej odbiorze stwierdził, że kwota się nie zgadza, jest za wysoka i że prosi o korektę. Spółka nie zrobiła jednak korekty, tylko poprawiła pierwotny dokument i podmieniła ją, niestety kontrahent przyjął "podmienioną fakturę", która jedna nigdy nie dotarła do księgowości sprzedawcy i powstała sytuacja następująca: sprzedawca ma u siebie zaksięgowaną fakturę 1/1/2019 na kwotę X, natomiast odbiorca ma u siebie poprawną już, bo podmienioną fakturę o tym samym numerze 1/1/2019, ale na kwotę Y.

Pomijając fakt, że odbiorca nie powinien przyjąć drugiej faktury z tym samym numerem i powinien domagać się korekty, co zrobić w przypadku kiedy ją przyjął i zewidencjonował u siebie tylko podmieniony dokument oraz wykazał go w plikach JPK?

W jaki sposób należy dokonać korekty sprzedaży?