Co organ podatkowy powinien zrobić z dokumentacją podatnika otrzymaną w związku ze sprawą, która toczy się w SKO?

Podatnik na początku roku otrzymał nakaz podatkowy, od którego odwołał się do SKO. Do tej pory Organ podatkowy nie ma rozstrzygnięcia SKO. Na początku maja podatnik podpisał umowę dzierżawy - w umowie wydzierżawił innej osobie część gruntu oraz budynek gospodarczy. Podatnik złożył korektę formularza IN-1, IR-1 oraz jako załącznik przedmiotową umowę. Ww. umowa nie przenosi obowiązku podatkowego.

Jak powinien postąpić teraz Organ podatkowy z takimi formularzami? Jakie pismo powinien wystosować od podatnika? Co powinno się wskazać jako podstawę prawną? Czy podatnikowi będzie przysługiwało odwołanie lub zażalenie do SKO? Co w przypadku gdy odwołanie od pierwszej decyzji jest w SKO?