Co należy korygować w księgach, jeżeli urząd skarbowy zakwestionował sposób ujęcia niektórych wydatków, które mają wpływ na rejestr VAT i wysokość zysku?

Nasza spółka z o.o. jest po kontroli podatkowej. Urząd skarbowy zakwestionował sposób ujęcia niektórych wydatków, są też małe nieścisłości w zakresie wyliczenia podatku VAT. Wszystko to ma wpływ na rejestr VAT i wysokość zysku na koniec 2011 r. Sprawozdanie finansowe i uchwały są już złożone do US i KRSu, zatwierdzony jest wynik spółki.

Co w takiej sytuacji należy korygować zapisami w księdze, czy podejmować nowe uchwały, składać korekty?